آلنده سوسیالیستی میانهرو بود که جناح چپ شیلی را متحد کرد و تا زمانی که قدرت را در دست داشت پروژهها و طرحهای بلندپروازانه ملیگرایانهای را در پیش گرفت. اقداماتی که موجبات خشم جناح راست شیلی و قدرتهای خارجی را فراهم آورد. در ماه سپتامبر سال ۱۹۷۳، ژنرال پینوشه، با همکاری و پشتیبانی ایالات متحده حکومت آلنده را برانداخت و حکومت دیکتاتوری خود را بر پا کرد. حکومتی که نزدیک ۲ دهه شیلی را با مشتهای آهنینش اداره کرد و هزاران کشته و تبعیدی برجای گذاشت.
روز ۱۱ سپتامبر ۱۹۷۳، نیروهای ارتش به رهبری پینوشه به کاخ ریاستجمهوری شیلی یا پالاسیو لاموندا حمله کردند. علیرغم حمله سربازان پینوشه به لاموندا، آلنده گفته بود که آنها نخواهند توانست زنده دستگیرش کنند. در همین حین و پیش از اینکه کاخ به تصرف نیروهای کودتا درآید، آلنده سخنرانی مشهور وداع خود با مردم شیلی را به صورت زنده از رادیو انجام داد. او در این واپسین دقایق حیاتش خطاب به مردم شیلی از عشقش به میهن و ایمان عمیق و خدشهناپذیرش به آینده گفت. او گفت که تعهدش به مصالح شیلی اجازه نمیدهد راه سادهتر را انتخاب کند و پیشنهاد فرار از کشور را بپذیرد و اینکه اگر تسلیم شود «خائنین» از آن ابزاری تبلیغاتی خواهند ساخت. و سرآخر از سخنانش اینطور برمیآمد که قصد دارد تا آخرین قطره خونش بجنگد.
حوالی ساعت ۵۰: ۱ رئیسجمهور آلنده به نگهبانان کاخ و تمام کسانی که آنجا بودند دستور داد تسلیم شوند. نگهبانان و سایر افراد صفی از طبقه دوم کاخ تا درب خیابان مورانده به صف ایستادند. آلنده با تکتک آنها دست داد و از آنها تشکر کرد که در این دقایق سخت در کنار او ماندهاند. او از انتهای صف شروع کرد و تا بالای پلهها رفت، بعد رفت سمت تالار استقلال که در شمال شرقی طبقه دوم کاخ بود.
همزمان دکتر پاتریسیو گوییون (از کارکنان درمانگاه کاخ ریاستجمهوری) تصمیم گرفت به طبقه بالا بازگردد تا ماسک گاز خود را بهعنوان یادگاری بردارد. به طبقه دوم که رسید صدایی شنید، و در تالار استقلال را که گشود رئیسجمهور را دید که با یک تفنگ ایکی ۴۷ خودکشی کرده است. دکتر خوزه کویرگا، ارسنیو پوپن، یک عضو کابینه، انریکه اوئرتا، یک مأمور کاخ، دو کاراگاه سازمان امنیت ریاستجمهوری، و چند مأمور گارد ریاستجمهوری، هم کسانی بودند که توانستند از طریق در باز در سوی دیگر تالار شاهد لحظه مرگ آلنده باشند یا اینکه لحظهای بعد از آن به آنجا برسند. از میان این شاهدان، تنها دکتر گوییون بلافاصله بعد از وقوع این اتفاق درباره آن حرف زد و به خودکشی آلنده شهادت داد؛ شهادتی که جز بدنامی و نفرین مردم ارمغانی برایش نداشت. دکتر انریکه پاریس روآ، پزشک مخصوص آلنده، هم آن زمان در کاخ بود ولی نه بهعنوان پزشک رئیسجمهور که بهعنوان عضوی از کابینه. او هم که به گفته شاهدان دیگر صحنه خودکشی آلنده را دیده بود، شهادتی نداد زیرا که بلافاصله بعد از تصرف کاخ به دست کودتاچیان اعدام شد. شاهدان دیگر هم تا زمان بازگشت دموکراسی به شیلی و سرنگونی دیکتاتوری پینوشه ساکت ماندند، زیرا که به گفته خودشان بازگویی ماجرای خودکشی آلنده به این صورت، جایگاه او را در میان ملت تنزل داده و از ارزش فداکاری و از جانگذشتگی او میکاست و به نوعی بر حقانیت حکومت نظامی پینوشه صحه میگذاشت.
بلافاصله پس از تصرف کاخ ریاستجمهوری، برنامهریزان کودتا در بیانیهای رسمی که از رادیو و تلویزیون این کشور پخش شد، اعلام کردند که آلنده با استفاده از تفنگ ایکی ۴۷ خودکشی کرده است. با اینحال، در سال ۲۰۰۴، پاتریسیو گوزمان، در فیلم مستند خود، سالوادور آلنده، تصویری از جسد آلنده را نشان داد و ادعا کرد که وی خود را با یک سلاح کمری کشته است.
از زمان مرگ آلنده تاکنون، هواداران او همواره بر کشته شدنش بهدست نیروهای کودتا تأکید داشتهاند و از نحوه کشتن وحشیانه او داستانها بافتهاند. فیدل کاسترو چند روز بعد از کودتای شیلی در سخنرانیای خطاب به حدود ۱ میلیون کوبایی گفت که آلنده در لاموندا در حالی که خودش را در پرچم شیلی پیچیده بود و به سوی سربازان خائن کودتا شلیک میکرد، کشته شده است. روایت دیگری هم هست که میگوید آلنده روی پلههای خارجی کاخ ریاستجمهوری در حال مبارزه کشته شده است. بعضیهای دیگر هم به تازگی گفتهاند که او خواسته خودش را بکشد ولی تنها زخمی شده است، و بعد یکی از محافظان، که خود بعداً کشته میشود، تیر خلاص را به او زده است.
در سالهای اخیر روایت خودکشی آلنده، در سایه تحقیقات بیشتر و شهادتهای جدید اعتبار و مقبولیت بیشتری یافته است، ولی برخی از هواداران، از جمله فیدل کاسترو و گابریل گارسیا مارکز نویسنده برنده نوبل، هیچگاه چنین چیزی را نپذیرفتند.
این داستان ادامه داشت تا اینکه امسال، در پی آغاز تحقیقات جنایی درباره مرگ آلنده و صدها قربانی دیگر دیکتاتوری ژنرال پینوشه، قبر آلنده بهدستور قوه قضاییه شیلی باز شده و بقایای جسد او به کارشناسان پزشکی قانونی این کشور سپرده شد. در سیویکم ماه می سال جاری، تلویزیون شیلی، خبر از کشف گزارشی ۳۰۰ صفحهای دربارهٔ مرگ آلنده داد. این گزارش و اسناد همراه آن در خانهٔ یکی از مسئولان قضایی حکومت ارتشی سابق این کشور که در جریان زلزله اخیر تخریب شده بود، پیدا شد. دو کارشناس حقوقی و قانونی، پس از بررسی این سند اعلام کردند که مرگ آلنده ترور بوده است. دکتر لوئیس راوانل که از سال ۲۰۰۷ درباره خودکشی آلنده تردید کرده بود، با تکیه بر این سند، و نیز نتایج کالبدشکافی سال ۱۹۷۳ اعلام کرد که نمیتوان مرگ او را خودکشی دانست. وی میگفت، نتایج کالبدشکافی دو زخم یکی کوچک و دیگری بزرگ را روی جسد آلنده نشان میدهد؛ که زخم کوچک را احتمالاً سلاحی کمری، و بزرگتر را همان ایکی۴۷ یا تفنگی به همان بزرگی ایجاد کرده. او ادعا میکرد که نخست با ایکی ۴۷ به او شلیک کردهاند و بعد با سلاح کمری خودش تیر خلاصی به او زدهاند تا مثل خودکشی بهنظر برسد. ولی در نهایت، نتایج رسمی پزشکی قانونی شیلی ثابت کرد که مرگ آلنده خودکشی بوده است، و این پایانی شد برای چند دهه بحث و جدل.
سخنرانی وداع آلنده با مردم، دقایقی پیش از مرگ:
«کارگران میهنم، من به شیلی و سرنوشت آن ایمان دارم. مردان دیگری خواهند آمد و بر این روزگار تاریک و تلخ که خیانت بر کشور سایه افکنده، پیروز خواهند شد. به یاد داشته باشید، زودتر از آنچه فکرش را بکنید، راههای بسیاری پیش پایتان گشوده خواهد شد و شما مردان آزاد را به سوی ساختن جامعهای بهتر هدایت خواهند کرد. زندهباد شیلی! زندهباد مردم! زندهباد کارگران!»